Projet Informatique appliqué à la Biologie

Travail à effectuer

Règles détaillées

Les règles détaillées se trouvent ici.

Calendrier

Début févrierRéunion de présentation :
  • Présentation des sujets
  • Affectation des sujets aux étudiants
  • Échange de coordonnées avec le client
  • Prise de rendez-vous pour la première réunion Client
Avant fin févrierContact client/étudiants (email ou réunion) :
  • Finalisation du sujet
  • Complément d'informations
  • Rappeler au client de donner un article différent à chaque étudiant dans le cadre de l'UE Analyse d'Article en Anglais
Premier jour du PIBDébut du projet. Idéalement réunion Client le matin
Chaque semaineRéunion client + étudiants :
  • Présenter vos avancées au client. Noter les critiques éventuelles.
  • Discuter le "quoi faire ?" (cahier des charges)
  • Planning
Chaque semaineRéunion de suivi de projet (A. Gonzalez, J. van Helden, N. Terrapon ou L. Tichit) + étudiants :
  • Vérifier que vous avez compris le sujet : le "quoi faire ?"
  • Discuter le "comment le faire ?" : problèmes éventuels
  • Planning
Dernière semaine du projetDernières semaines de réalisation. Limitez-vous à :
  • Phase de test intensive
  • Déployement en production
  • Correction de bugs
  • Nettoyage du code
  • Documentation
Quelques jour aprèsRemise du manuel de maintenance, du manuel d'utilisation et du code source à AG, JvH, NT et LT
Début maiPrésentation d'article dans le cadre de l'UE Analyse d'Article en Anglais
Début maiSoutenances du PIB

Liste des PIB

Client(s)SujetLaboratoireÉtudiant(s) Superviseur
Pascal Hingamp & Émilie Villar Distribution géographique de gènes dans les métagénomes de l'expédition Tara Océans. détails MIO Aurélien Alexandre
Paul Bachelerie
Thomas Rosnet
Nicolas Terrapon
Benoît Ballester & Jeanne ChenebyPackage R d'analyse d'enrichissement de régions génomiques. détails TAGC Zacharie Ménétrier
Martin Mestdagh
Jacques van Helden
Laurent Tichit
María Arechederra & Fabrice DaianCancer Omics Data Integration . détails IBDM Matthieu Bal
Eymeric Belmonte
Nadine Said
Aitor Gonzalez

La page des Stages/PIB de M1 BBSG.

Divers aides, selon votre projet

Cahier des charges - ce qu'il y a à faire - point de vue du client

C'est un document permettant de lister, très précisément les besoins du client.

Lotissement et planning prévisionnel - ce qu'il y a à faire (et dans quel ordre) pour répondre au cahier des charges

C'est un document permettant de savoir où l'on va et de rester lucide sur ce que l'on fait (et de pouvoir établir un devis au client).

De Python à Perl

Il existe (au moins) 2 supports de cours en ligne intéressants pour apprendre Perl à partir de Python :

De Python à Java

Il existe (au moins) 2 supports de cours en ligne intéressants pour apprendre Java à partir de Python. Notez qu'ils ont été écrit il y a quelque temps et qu'ils se basent sur python2 (ce qui ne devrait pas poser de problème dans ce sens) et Java6 (ce qui ne devrait pas poser de problèmes non plus, car Java7 et Java8 sont compatibles avec Java6) :

Le langage R

Le langage C

PostgreSQL

PostgreSQL est un SGBD open-source, très avancé, plus proche d'Oracle que MySQL ne l'est.

Les services Web

Git/subversion

Valid XHTML 1.0 Strict