Durée: 7 semaines.

1. Emploi du temps et règles du jeu:
   • Février: mise en ligne des sujets, prospective, choix du sujet.
   • Le projet est étalé sur 7 semaines, environ à mi-temps, en tandem avec l’UE analyse d’un article en anglais (choisi en relation avec le projet). Ensuite vous aurez peut-être encore quelques bugs à corriger.
   • Prévoir une réunion physique par semaine avec votre encadrant (1-2h). En profiter pour découvrir le laboratoire et/ou l’équipe.
   • Faire clarifier rapidement la répartition des tâches entre étudiants.
   • Faire présenter le travail réalisé au cours de la semaine par un étudiant désigné par l’équipe (chacun a son tour, au fil des semaines).
   • Se mettre d’accord sur ce qui devra être prioritairement réalisé au cours de la semaine suivante.
   • Tous les étudiants doivent être présents à chaque réunion.
2. Organisation:
   • Définition du cahier des charges avec l’encadrant, compréhension du contexte biologique.
   • Recherche et tests de différentes solutions. Choix de la conception retenue.
   • Réalisation. Nettoyer constamment le code.
   • Documentation du code - attention aux commentaires: point trop n’en faut.
   • Tests et corrections.
   • Finalisation de l’application.
   • Documentation (voir documents à rendre ci-dessous).
   • Présentations des projets au mois d’avril (soutenance + démonstration).
3. Réunions de suivi de projet: Au cours d’une réunion vous devez pouvoir présenter:
   • le cadre/contexte biologique et l’intérêt du projet.
   • le cahier des charges (les grandes fonctionnalités que vous devez implémenter et les contraintes imposées).
   • votre conception (comment vous envisagez une solution), vos choix technologiques. C’est une discussion informelle (pas besoin de préparer des transparents, mais préparer un document papier). En revanche il vous faut être structurés et avoir bien compris le contexte et pas mal réfléchi (voire testé) différentes approches. Le but est de se mettre d’accord sur les choix technologiques et de vous débloquer s’il le faut.

4. Il est impératif de rassembler votre code sur un dépôt accessible depuis internet. SourceSup ou Bitbucket. Il est impératif de versionner votre code. Git semble être le système de gestion de version le plus courant. Apprendre très tôt à s’en servir. Les sources du projet et de sa documentation (utilisateur et technique) doivent être versionnés. Le format de chaque document peut varier d’un projet à un autre (vignette R ou menu “Aide” en ligne pour la doc utilisateur, par exemple). La langue de la documentation peut également varier d’un projet à un autre. Le client est le seul juge en la matière. Attention: ne pas versionner les fichiers de données. Souvent trop gros. Parfois confidentiels. Extraire des versions minimalistes et/ou randomisées pour tests unitaires.

5. Rendu final: Vous devrez nous rendre quelques jours avant la soutenance, les documents suivants:
   1. Manuel d’installation/utilisation à usage de l’utilisateur final. Ce manuel doit être suffisant pour que l’utilisateur final puisse déployer votre application sur une machine et puisse utiliser toutes ses fonctionnalités.
   2. Manuel de maintenance à l’usage du développeur. Ce document doit etre suffisant pour qu’une équipe d’informaticiens puisse comprendre très rapidement comment votre application est construite et puisse la faire évoluer:
      • organisation et contenu des fichiers
      • architecture logicielle
      • description des paquetages, modules, classes, méthodes et fonctions développées
      • bibliothèques utilisées
      • environnement de programmation utilisé
      • etc. Le manuel de maintenance doit aussi expliquer comment obtenir l’application finale à partir du code source (compilation en ligne de commande ou compilation à partir d’un projet Eclipse, installation nécessaire de rstudio, de bibliothèques python spécifiques, etc.). Importance de faire des schémas.
   3. Code source: une archive au format zip, rar ou tar.gz, tar.bz2, tar.xz, contenant uniquement ce qui est indispensable pour le projet (code, images, etc.). Pas de versions antérieures, pas de fichiers de backup, …
6. Soutenance + démonstration: 40mn (soutenance 15mn/démonstration 10mn/questions 15mn) Le plan de votre présentation orale doit présenter peu ou prou les éléments suivants, dans cette ordre:
   • cadre/contexte/problématique biologique et intérêt du projet
   • état de l’existant et contraintes existantes
   • cahier des charges
   • conception et réalisation
   • bilan (besoins auxquels on a répondu, besoins non adressés, auto-critique). Attention: il n’y a pas de rapport de projet à proprement parler. Votre rapport sera oral. Veillez donc à bien répéter la présentation.