Dimanche 16 mai 2004
| Nouvelles |
- L'oral de l'Option Biologie moléculaire aura lieu le Mardi 18 Mai 2004 de 13h à
16
- La nouvelle version des transparents de Mr Blasco est en ligne.
- La nouvelle version du cours de Mme Granon est en ligne
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Proposition de TER à coloration Bio
Ce sont des sujets de TER d'Informatique qui vont être faits dans ou avec la participation des labos de Biologie. Voici une première liste - si
vous êtes intéressés envoyez moi un mail
Les oraux auront lieu Mardi 18 Mai de 13h à 16h
Table des matières
| TER 1 : |
Extension de GINsim pour définir des réseaux génétiques intercellulaires |
| prérequis : |
aucun, Option bio maitrise conseillée |
| Proposé par: |
Denis Thieffry
Bioinformatique des reseaux de regulation du developpement, LGPD
Denis Thieffry |
| Encadré par : |
Aitor González et
Claudine Chaouiya -- Contact : Michel Van Caneghem |
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Au sein de l'équipe de Bioinformatique des Réseaux Régulateurs du Développement du LGPD, nous nous intéressons à la modélisation dynamique des
réseaux génétiques de régulation, qui contrôlent de nombreux processus biologiques. Dans ce contexte, nous utilisons une interface écrite en
Java permettant de lire et/ou générer des fichiers XML spécifiant la structure de réseaux génétiques dans une cellule. Ces fichiers sont
utilisés comme données d'un logiciel de simulation et d'analyse dynamiques du réseau.
Dans le cadre de ce sujet de TER, nous proposons d'étendre le moteur de simulation pour qu'il prenne en considération les interactions
intercellulaires. Cela passe par une extension du format XML (GINML), via la définition d'un schéma en remplacement de la DTD existante. Il
s'agira en outre d'ajouter les éléments nécessaires pour la spécification des relations de voisinage entre cellules, et des interactions
intercellulaires (via des récepteurs et ligands attachés aux cellules).
L'interface graphique de GIN-sim sera ensuite modifiée pour prendre en compte le remaniement de GINML et permettre la définition de graphes
intercellulaires.
Références :
Rapport de projet GINsim2 par Cordeil et al., DESS Info 2004. |
| binômes : |
-
Chauvin Benoit (
 )
et Sébastien Gay-Para ( )
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| TER 2 : |
Comparaison de classifications de gènes |
| prérequis : |
Option bio maitrise conseillée |
| Proposé par: |
Yves Collettes (Laboratoire de Cancérologie Expérimentale -- INSERM Unité 119) |
| Encadré par : |
Yves Collettes (U119), Denis Thieffry (LGPD), Michel Van Caneghem (LIF) |
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Le vrai titre : Analyse de données de transcriptome pour tester une hypothèse de co-régulation de groupes de gènes de la famille
TNF co-localisés sur les génomes murin et humain.
Les gènes de la famille du TNF (Tumor Necrosis factor) sont issus de duplications en bloc de régions chromosomiques paralogues du complexe
majeur d'histocompatibilité (CMH) chez l'homme (chromosomes 1, 6, 9 et 19). Ainsi, sur les 19 membres connus chez l'homme, 11 gènes sont
répartis sous forme de clusters (3 x 3 gènes et 1 x 2 gènes) sur les 4 régions paralogues , les autres TNF étant répartis par groupes de 2
gènes sur 4 autres régions paralogues (chromosomes X, 3, 13 et 17). Les relations phylogénétiques de ces membres et leur regroupement
fonctionnel évoquent fortement l'existence d'une régulation coordonnée de leur expression par des régions régulatrices de la transcription type
"Locus control region" ou LCR, comme décrit pour le locus de la b-globine et, plus récemment, le locus de cytokines Th2 (IL-4, -5 et -13) sur
le chromosome 5. Pour tester l'hypothèse d'une régulation coordonnée de l'expression des gène regroupés au sein de ces clusters, nous proposons
d'analyser en TER leur expression à l'aide de plusieurs jeux de données d'expression à grande échelle (puces à ADN). Il s'agira de comparer les
distances entre les gènes de chaque cluster au sein d'arbres de classification des données d'expression (regroupements hiérarchiques) avec leur
proximité chromosomique.
Référence:
Collette Y, Gilles A, Pontarotti P, Olive D (2003). A co-evolution perspective of the TNFSF and TNFRSF families in the immune system. Trends Immunol 24(7): 387-94.
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| binômes : |
-
Dominique JEANNIN (
 ) et ???
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| TER 345 : |
Comparaison de chromosomes entiers |
| prérequis : |
Pour les 2 premiers note correcte au devoir 3 de mon cours, pour le dernier Option bio maitrise conseillée |
| Proposé par: |
David Martin (LGPD) |
| Encadré par : |
David Martin et Michel Van Caneghem (LIF) |
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Depuis quelques années, de paire avec l'évolution des techniques de séquençage, plusieurs génomes Eucaryotes complets ont été rendus publics. La
disponibilité de ces données a suscité chez les biologistes un intérêt croissant pour les méthodes de comparaison de séquences génomiques, afin
de comparer l'organisation et la conservation des gènes dans les différents génomes. D'autre part, les méthodes classiques d'alignement global
de séquences (Needleman-Wunsch) ont trouvé leur limite dans la résolution de cette problématique, car elles ne sont pas adaptées à la
comparaison de séquences de plusieurs mégabases. De nouveaux algorithmes d'alignement de séquences ont ainsi vu le jour très récemment sous
l'appellation de 'fast global alignement methods'.
Il existe déjà un certain nombre de programmes qui font ce travail (AVID, MUMmer,...). Le but de ce TER est d'en écrire
un nouveau en java qui devra utiliser des algorithmes plus simples. Ce travail est assez compliqué, mais il se découpe
bien en trois étapes. C'est pourquoi cela fait l'objet de 3 TER. On peut décrire la méthode de la manière suivante :
-
[TER3] La première étape commune à tous ces nouveaux algorithmes, consiste à retrouver toutes les sous-chaînes
communes aux deux séquences à aligner. Comme les chaînes sont très grande (100 Mb) , il faut un algorithme très efficace.
Nous vous proposon soit d'utiliser las arbres suffixes (O(n)),
soit les tables suffixes (O(n log n)) - mais plus facile a implanter. [Ce TER, demande de bonne connaissances
en algorithmique et peu en Biologie]
- [TER4] La deuxième étape consiste à partir des résultats précédents (couples de chaines maximales communes a 2 séquences),
de donner un ordre a ces couples de telles manière qu'il n'y ait ni croisement ni chevauchement entre ces couples. On
obtient ainsi des sortes d'ancres qui permettent de construire l'alignement final [même remarque pour le TER précédent].
- [TER5] La dernière étape consiste a s'occuper de ce qu'il y a entre les ancres et soit de faire un
alignement classique si l'espace inter-ancres est petit, soit a relancer tout le processus, si l'espace inter-ancres est
trop grand. Une fois que l'alignement est fini, il faut trouver un moyen astucieux d'afficher les résultats (il ne s'agit pas
d'imprimer 10 millions de caraxtères!). Ceux qui s'occuperont de ce dernier TER seront également chargé de faire des tests
et de comparer avec les autres programmes existants. [il faut ici plus de connaissances en bio]
Si un binôme prend ce sujet cela sera le TER 3, si deux binomes prennent ce sujet cela sera les TER 3 et 4 et si trois ... vous
avez compris. Les trois binômes travailleront ensemble pour interfacer leurs programmes ainsi que pour les tests et la
compréhension du problème.
Référence:
AVID : http://baboon.math.berkeley.edu/avid_supplementary/. Je vous conseille de regard le papier : AVID paper, il ne fait
que 6 pages.
MUMmer : http://www.tigr.org/software/mummer/. De même regardez le dernier papier sur MUMmer 3, a la fin de la page web, un peu plus gros, il fait
9 pages!!. Ce logiciel est Open-Source et tous les sources sont distribués : c'est un bon moyen de faire des comparaisons.
Ceci dit comme les algorithmes sont compliqués, il vaut mieux repartir a zéro. |
| binômes : |
-
TER3 : Costanza Damien (
 ) et
Ducloux Victor( )
- TER4 Philippe BEAMONTE (
 )
et Frédéric REINIER ( )
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| TER 6 : |
Aide pour l'adjonction d'annotations a une base de données biologique : Wormbase |
| prérequis : |
Option bio maitrise fortement conseillée |
| Proposé par: |
Jonathan Ewbank (CIML) |
| Encadré par : |
Jonathan Ewbank (CIML) et Michel Van Caneghem (LIF) |
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Notre projet TER consiste à la mise en place d'un interface plus simple pour l'entrée de 'third party annotations'
dans la base de données Wormbase. Une description complète de ce projet se trouve à :
http://www.ciml.univ-mrs.fr/EWBANK_jonathan/Bioinf/Projet_infoTER.html
Pour ce TER, il faut un binôme ayant une grande autonomie. Ces étudiants devront discuter avec les biologistes pour bien
comprendre ce qu'ils souhaitent, en suite préciser le cahier des charges et enfin le réaliser.
Peut-être des idées ici : http://www.alphaworks.ibm.com/tech/biowbi?Open&ca=daw-flnt-040804 |
| binômes : |
| TER 7 : |
Extraction automatique d'information concernant des interactions entre gènes, à partir de textes |
| prérequis : |
Option bio ou langue naturelle maitrise conseillée |
| Proposé par: |
Bernard Jacq (LGPD) |
| Encadré par : |
Elisabeth Godbert (LIF), Jean Royauté (LIF) et Bernard Jacq (LGPD) |
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Les bases de données biologiques contiennent de très nombreux documents sous la forme de textes. La lecture et l'étude, par
un biologiste, de tous ces documents étant impossible, nous nous intéressons à la réalisation d'un dispositif pour
l'extraction automatique, dans ces textes, de certains types d'information. Plus précisément, le travail proposé ici est la
détection automatique de phrases parlant d'interactions entre gènes, dans un corpus de textes étiquetés fourni par un
laboratoire de biologie. Pour cela, vous utiliserez et comparerez plusieurs méthodes de classification qui permettent de
mettre en oeuvre des techniques d'apprentissage. |
| binômes : |
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AGREBI Brahim (
 ) et
BONNARDEL Marie( )
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| TER 8 : |
à venir |
| prérequis : |
Option bio maitrise conseillée |
| Proposé par: |
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| Encadré par : |
Michel Van Caneghem (LIF) |
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| binômes : |
| TER 9 : |
à venir |
| prérequis : |
Option bio maitrise conseillée |
| Proposé par: |
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| Encadré par : |
Michel Van Caneghem (LIF) |
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| binômes : |
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