Qu'est ce que c'est que la BioInfo?
Ce domaine est en constante évolution, il est donc très difficile
de donner une définition. Cependant, si on regarde les cours proposés,
on peut dire que cela concerne les outils Informatiques mis en ?uvre dans
le cadre de la Biologie Moléculaire :
-
Algorithmes sur les séquences d'ADN et de protéines (Algorithmes,
Complexité, Optimisation combinatoire, Statistiques)
-
Les banques de données de séquences (Banque de données,
XML)
-
La prédiction des structures des protéines (Optimisation,
Modèlisation géométrique)
-
Arbres phylogéniques (Optimisation Combinatoire)
Cela concerne donc l'Informatique, mais aussi les Mathématiques
(en particulier les Statistiques) Et il faut aussi de bonnes connaissances
en Chimie et en Physique. (On s'aperçoit rapidement qu'il n'y a
pas de cursus existant dans notre Université qui permet d'aborder
tout ces domaines).
Un référence très intéressante est la page
de l' International Society for Computational
Biology . Les mots clés sont Computational Molecular Biology,
mais aussi BioInformatic.
Mais je pense que l'on ne peut pas réduire ce domaine d'étude
aux seuls points précédents, il faudrait ajouter également
tout ce qui concerne :
-
Les automates et les machines de Turing. Vous pouvez consulter une page
intéressante sur le jeu
de la vie de Conway (n'hésitez pas à cliquer sur les
dessins, ils s'animent). Egalement une
applet Java qui contient beaucoup d'exemples (je vous conseille le
petit train qui laisse de la fumée derrière lui : Puffer).
-
Les recherches sur la vie artificielle. Un
pointeur intéressant.
-
Les ordinateurs biologiques
Pourquoi je m'intéresse à la BioInfo?
Vaste question ? Plus j'avance dans ce domaine, plus je le trouve passionnant
et je ne suis pas le seul !!!
[Retrouver l'interview de D.Knuth]
Beaucoup de prévisionnistes, indiquent que l'Informatique va
continuer sa croissance pendant un dizaine d'année et qu'ensuite
des domaines comme la BioInfo vont prendre la relève [retrouver
les références]
Enfin, si cela peut servir à me guérir de mes futures
maladies, cela ne peut être qu'utile !!!!
Des cours sur Internet.
Il y a un certain nombre de cours disponibles sur Internet, qui m'ont permis
d'apprendre beaucoup de choses. Certains sont sous forme Video, ce qui
fait que l'on peut suivre le cours comme si l'on était dans l'amphi
(Il faut utiliser Windows). Voici les deux qui m'ont le plus intéressé
:
Representations and Algorithms for Computational Molecular Biologydu
professeur ALTMAN à Stanford
Pointeur vers
la page Web du cours [une
copie locale].
Ce cours est disponible
en Video (Il vous faut le logiciel gratuit de Microsoft : Windows
Medi Player). Voici le programme de ce cours.
-
Introduction to Bioinformatics (Altman)
-
Biomolecular structure and function (Altman)
-
Dynamic programming for alignment and multiple alignment (Altman)
-
Basic structural computations, Computing with Distances (Altman)
-
Gibbs Sampling/Hidden Markov Models (X. Liu/S. Schmidler)
-
Defining and Searching for Sequence Motifs (Altman)
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Protein structure search space and energetics (Altman)
-
Prediction of 3D protein structure (Altman)
-
Genetic Algorithms in Biology (Koza)
-
Genetic Programming in Biology (Koza)
-
Secondary Structure Prediction (Altman)
-
Computing with Distances (Altman)
-
Information content of different types of structural data (Altman)
-
Structural alignment (Altman)
-
Constructing phylogenetic trees (Altman)
-
Database integration/XML (Altman)
-
RNA folding and Genetic Network Intro (Altman)
-
Modeling biological pathways in genomes (Karp)
-
Collaborative environments OR 3D Motifs (Altman)
J'ai fait une
copie locale (peut être que je
n'ai pas le droit) d'un partie des transparents de ce cours en format pdf.
Algorithms in Molecular Biology du professeur Ron Shamir de l'Université
de Tel Aviv
Pointeur vers la page
Web du cours [une
copie locale ].
Je trouve ce cours beaucoup plus adressé aux informaticiens. Voici
le programme :
-
Introductory Concepts
-
Pairwise alignment
-
Sequence Alignment Heuristics
-
Bioinformatics Tools
-
Multiple Sequence Alignment
-
Hidden Markov Models
-
Gene Finding
-
Protein Structure
-
Phylogeny
-
Physical Mapping
-
Genome Rearrangements
-
DNA Chips
encore une fois j'ai fait des
copies locales des transparents.
D'autres cours
Je n'ai consulté qu'un partie de ces cours :
Des documents sur Internet.
Il y a beaucoup de choses, mais voici quelques documents que j'ai trouvé
intéressant (ce sont des copies locales et des fichiers pdf).
-
Primer on Molecular Genetic. Très
intéressant, avec beaucoup de dessins, mais un peu vieux (1992).
J'ai l'impression qu'il a été remis à jour.
-
To Know ourselves, sur le projet de séquençage
du génome humain. De très beau dessins en couleur !
-
Le premier chapitre d'un livre épuisé
de Hunter, fait une bonne introduction à la Biologie
-
Le schéma d'une cellule
Il y a beaucoup d'autres choses, en particulier une bibliothèque
très complète de dessins.
Les livres que j'ai lu (ou lu rapidement).
Voici quelques livres que j'ai lu ou essayé de lire :
-
LA BARQUE
DE DELPHES d'Antoine Danchin. J'ai trouvé ce livre vraiment
très passionnant et très intéressant, sauf peut-être
la dernière partie qui semble un règlement de compte. Cet
auteur parle à la fois de Biologie de Complexité, de Machines
de Turing, de Physique, de Chimie et bien sûr d'Informatique.
-
L'analyse
des génomes, d'Alain Bernot. Ce livre est peut-être intéressant
pour un Biologiste, mais il est impossible à comprendre pour un
Informaticien. Cela ne vaut pas le coup de l'acheter, même si ils
coute pas cher (46.55F)
-
M.S. Waterman, Introduction
to Computational Biology .This book is intended to introduce someone
who has advanced mathematical skills to the subject of biological data
and problems. Ce livre est un classique sur l'alignement des séquences.
-
Algorithms
on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational
Biology, Dan Gusfield, 1997, Cambridge University Press. Ce livre est vraiment
un livre d'informaticien. Traite de tous les algorithmes sur les chaînes
(ne parle pas des méthodes statistiques). Sur sa page Web il y a
une référence sur un bibliothèque
écrite en C des algorithmes de son livre (je ne les ai pas essayés).
-
Les proceedings du congrès RECOMB99
(Third Annual International Conference On Computational Molecular Biology)
qui a eu lieu cette année à Lyon.Il parait que c'est une
des trois grandes conférence de Bio Informatique.
J'ai commandé d'autres livres
Proposition d'un Cursus (à Luminy).
Je pense qu'il faudrait commencer à réfléchir pour
proposer quelque chose à mi-parcours du plan quadriénal.
Voici un document qui réfléchit sur
un
cursus possible.(C'est un document du professeur Altman)
