Projet Informatique appliqué à la Biologie

Travail à effectuer

• Réaliser une application informatique répondant aux besoins d'un chercheur en biologie.
• Rédiger un manuel d'installation/utilisation à l'égard d'un utilisateur biologiste.
• Rédiger un manuel de maintenance à l'égard d'un futur programmeur qui fera évoluer votre code.
• Présenter votre travail lors d'une soutenance orale.

Règles détaillées

Les règles détaillées se trouvent ici.

Calendrier

Début février	Réunion de présentation : Présentation des sujets Affectation des sujets aux étudiants Échange de coordonnées avec le client Prise de rendez-vous pour la première réunion Client
Avant fin février	Contact client/étudiants (email ou réunion) : Finalisation du sujet Complément d'informations Rappeler au client de donner un article différent à chaque étudiant dans le cadre de l'UE Analyse d'Article en Anglais
Premier jour du PIB	Début du projet. Idéalement réunion Client le matin
Chaque semaine	Réunion client + étudiants : Présenter vos avancées au client. Noter les critiques éventuelles. Discuter le "quoi faire ?" (cahier des charges) Planning
Chaque semaine	Réunion de suivi de projet (A. Gonzalez, J. van Helden, N. Terrapon ou L. Tichit) + étudiants : Vérifier que vous avez compris le sujet : le "quoi faire ?" Discuter le "comment le faire ?" : problèmes éventuels Planning
Dernière semaine du projet	Dernières semaines de réalisation. Limitez-vous à : Phase de test intensive Déployement en production Correction de bugs Nettoyage du code Documentation
Quelques jour après	Remise du manuel de maintenance, du manuel d'utilisation et du code source à AG, JvH, NT et LT
Début mai	Présentation d'article dans le cadre de l'UE Analyse d'Article en Anglais
Début mai	Soutenances du PIB

Liste des PIB

Client(s)	Sujet	Laboratoire	Étudiant(s)	Superviseur
Pascal Hingamp & Émilie Villar	Distribution géographique de gènes dans les métagénomes de l'expédition Tara Océans. détails	MIO	Aurélien Alexandre Paul Bachelerie Thomas Rosnet	Nicolas Terrapon
Benoît Ballester & Jeanne Cheneby	Package R d'analyse d'enrichissement de régions génomiques. détails	TAGC	Zacharie Ménétrier Martin Mestdagh	Jacques van Helden Laurent Tichit
María Arechederra & Fabrice Daian	Cancer Omics Data Integration . détails	IBDM	Matthieu Bal Eymeric Belmonte Nadine Said	Aitor Gonzalez

La page des Stages/PIB de M1 BBSG.

Divers aides, selon votre projet

Cahier des charges - ce qu'il y a à faire - point de vue du client

C'est un document permettant de lister, très précisément les besoins du client.

• Chaque besoin devant être décomposé en une liste de tâches (ou fonctions) possédant chacune une priorité. Ce sont les besoins fonctionnels : une certain nombre de lignes de code permet de répondre à chaque besoin
• Les autres besoins (délais, politique de test, documentation, licence, ergonomie, sécurité, contraintes ou recommendations concernant les outils à utiliser, etc.) sont les besoins non fonctionnels : ce sont des besoins indépendants de la quantité de lignes de code produite
• Il existe pas mal d'exemples de CdC sur internet (mot-clés "cahier des charges projet informatique" sur votre moteur de recherche préféré)
• En fin de cahier des charges, rajoutez une partie "Analyse de besoins", dans laquelle vous listerez l'ensemble des verrous techniques, i.e. tous les points techniques qui vous font peur (framework web, bibliotheque à prendre en main, algorithmique, etc.)

Lotissement et planning prévisionnel - ce qu'il y a à faire (et dans quel ordre) pour répondre au cahier des charges

C'est un document permettant de savoir où l'on va et de rester lucide sur ce que l'on fait (et de pouvoir établir un devis au client).

• Le lotissement est le découpage du travail à faire en un certain nombre de lots. Chaque lot répond à un besoin fonctionnel. Un (seul) étudiant doit être responsable de chaque lot
• Sur le planning, la granularité temporelle est la demi-journée
• Chaque étudiant doit apparaitre indépendamment
• Chaque activité doit y apparaitre : (auto)formation technique (sur les verrous techniques), besoins fonctionnels, réunions clients, réunions superviseur, activités annexes (cours, examen, séance de kiné, compétition de judo, etc.)
• Il doit y avoir des liens de dépendance entre activités car certaines activités dépendent des autres
• Il est normal que le planning soit très précis sur le début du calendrier, plus flou vers la fin
• Il existe pas mal d'exemples de planning sur internet (mot-clés "diagramme de Gantt gestion de projet" sur votre moteur de recherche préféré)

De Python à Perl

Il existe (au moins) 2 supports de cours en ligne intéressants pour apprendre Perl à partir de Python :

• Xah's Perl & Python Tutorial. Commencez par Language Basics.
• Perl Phrasebook. Commencez par les 7 premiers chapitres.

De Python à Java

Il existe (au moins) 2 supports de cours en ligne intéressants pour apprendre Java à partir de Python. Notez qu'ils ont été écrit il y a quelque temps et qu'ils se basent sur python2 (ce qui ne devrait pas poser de problème dans ce sens) et Java6 (ce qui ne devrait pas poser de problèmes non plus, car Java7 et Java8 sont compatibles avec Java6) :

• Le site de B. N. Miller : version HTML.
• Le site de K. Lambert : version HTML.

Le langage R

• Tutoriel pour débutant.
• Deux tutoriels complets.
• Environnement de développement : R Studio.

Le langage C

• L'un des meilleurs tutoriels C sur le site du zéro. Faites très rapidement la partie 1 (9 premiers cours). Focalisez-vous ensuite sur les parties 2 et 4.

PostgreSQL

PostgreSQL est un SGBD open-source, très avancé, plus proche d'Oracle que MySQL ne l'est.

• Client en ligne de commande : psql.
• Client web : phpPgAdmin.
• Outil de création d'interface utilisateurs (formulaires) : Vfront. Compatible MySQL, PostgreSQL, Oracle.

Les services Web

• Concept général d'inter-opérabilité entre une machine cliente et un serveur éloigné : Service Web.
• Protocole d'échange de données REST.
• Format d'échange de données JSON.
• Documentation sur les services Web d'ENSEMBL.
• Tutorial sur les services Web de l'EBI.

Git/subversion

• Première partie : Git en local.
• Création d'un dépôt Git ou subversion sur Renater. Si pour une raison ou pour une autre le dépôt Renater ne fonctionnne pas, passez par Bitbucket par exemple (ou si subversion vous est imposé, passez peut-être par Github).
• Utilisation de Git/subversion avec RStudio.